Obgleich die Pomodoro-Technik eine Vielzahl an Vorteilen aufweist, erweist sie sich aber nicht in jedem Kontext als optimale Wahl. Dies gilt insbesondere für das Lernen, wobei die Eignung von individuellen Faktoren wie dem jeweiligen Lernstil abhängig ist. Es gibt beim lernen Momente, in denen ein ununterbrochenes Durcharbeiten angezeigt ist. Diesbezüglich sei beispielsweise auf die Erstellung einer Hausarbeit verwiesen, bei der das Durcharbeiten in einem Zustand der intrinsischen Motivation und des Flow-Erlebens als vorteilhaft erachtet wird. Bei komplexen, kreativen oder tiefgründigen Denkprozessen erweist sich die Anwendung der Pomodoro-Technik hingegen als suboptimal. Die Anwendung der Pomodoro-Technik kann für Menschen, die über einen längeren Zeitraum hinweg tiefgehend denken oder Probleme lösen müssen, beispielsweise beim Verfassen eines Essays oder bei komplexen wissenschaftlichen Überlegungen, als störend empfunden werden. In manchen Fällen ist es erforderlich, sich über einen längeren Zeitraum in einen Denkprozess zu vertiefen, um die dafür erforderliche Konzentration zu erreichen.
Wenn Sie sich in einem Zustand hoher Arbeitsproduktivität befinden, kann eine nach 25 Minuten erfolgte Unterbrechung der Tätigkeit den Arbeitsfluss unterbrechen und die Effizienz mindern. Bei der Bearbeitung komplexer Themen mit langen Lernphasen ist zu berücksichtigen, dass Bei der Bearbeitung von Themen, die ein tiefes Nachdenken erfordern oder für die mehrere Stunden ohne Unterbrechung benötigt werden (beispielsweise bei der Vorbereitung auf eine umfangreiche Prüfung), kann die Pomodoro-Technik möglicherweise hinderlich sein.
Die Pomodoro-Technik erweist sich als effektive Methode für zahlreiche Lernaktivitäten, insbesondere bei der Aufteilung von Aufgaben in kleinere Einheiten und der Berücksichtigung regelmäßiger Pausen. Allerdings eignet sich die Pomodoro-Technik nicht für jedes Lernziel und jeden Lerntyp in gleicher Weise. Für komplexe, tiefgründige Lernprozesse oder längere, zusammenhängende Denkphasen erscheint die Verwendung flexiblerer Arbeitsmethoden ratsam. Es kann als empfehlenswert erachtet werden, Pomodoro als eine von mehreren Techniken zu nutzen, je nach Art des Lernens und der persönlichen Präferenz. In vielen Fällen unterstützt Pomodoro die Aufrechterhaltung der Produktivität. Dies kann beispielsweise bei einer als unangenehm empfundenen Aufgabe der Fall sein. Die 25-minütigen Arbeitsphasen erleichtern das Durchhalten, während das reine, unstrukturierte Arbeiten ohne klare zeitliche Vorgaben dazu verleitet, sich stattdessen sozialen Medien zuzuwenden.